jstack делает thread dump — снимок состояния всех потоков. Смотреть: BLOCKED потоки (ждут monitor — deadlock или contention), WAITING/TIMED_WAITING (нормально для thread pools), потоки в бесконечных циклах (RUNNABLE с одинаковым stacktrace в нескольких дампах через 10 секунд). Несколько дампов с интервалом помогают понять что происходит. fastthread.io или IBM Thread Analyzer для удобного анализа.