В стандартной библиотеке есть пакет flag. Определяешь флаги: port := flag.Int("port", 8080, "server port"), вызываешь flag.Parse(), и потом используешь *port. Поддерживает строки, числа, булевы значения и duration. Для более сложных CLI с подкомандами (git add, git commit) стандартного flag не хватает — нужен cobra или urfave/cli. В Go принято: если приложение простое и флагов мало — flag из stdlib. Если CLI с подкомандами, автодополнением, генерацией документации — cobra.